CRISPR/Cas9, or rather the « Charpentier-Doudna method », or ChaDoMe, or CDM, or…?

maxresdefault @Broad Institute of MIT and Harvard

 

Paul Knoepfler, a well known stem cell scientist who is also probably the best known stem cell twitter user and blogger, wrote a piece on famous scientific names which we use every day in the lab, such as Petri dish, Bunsen burner, Southern blots (although this one is much less used these days) etc, observing that few come from female scientists.

This made me think about the indecipherable CRISPR/Cas9 method. This bizarre acronym for the best genome editing method currently available is fast becoming fashionable and very common, but no one knows its meaning (come on, who could say that it is « Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats » without checking google). So why not call it the « Charpentier-Doudna Method » or CDM, or ChaDoMe, or whatever similar. At least it will do justice to these two fantastic female scientists…

History, or rather the Lasker-Nobel committees, will tell us whether it should be the CDZM, or ChaDoZh method, depending on whether you consider Feng Zhang as a co-inventor of the technic. And it could be fun reading students papers about the Shadow(s) method  🙂

CRISPR/Cas9, or rather the « Charpentier-Doudna method », or ChaDoMe, or CDM, or…?

Carnet de balade

  • MIMIVIRE, le système immunitaire des virus géants

2016-03-02 MimivirusImpressionnante découverte que celle publiée par Didier Raoult et Bernard La Scola qui travaillent à l’université d’Aix-Marseille. Après la découverte des virus géants en 2003, celle des virus, appelés virophages, qui parasitent d’autres virus en 2008, et la résistance de certains virus aux virophages (2014), ils viennent de démontrer avec leur collègues l’existence d’un système équivalent au CRISPR/Cas9 désormais bien connu (Levasseur et al, Nature, 2016). C’est donc un nouveau genre de système immunitaire qui se révèle, d’abord chez les bactéries puis chez les virus, avec des bases similaires. Ce système immunitaire n’est pas basé sur des cellules comme chez les eucaryotes complexes, mais sur le matériel génétique et des enzymes : l’incorporation d’un fragment de l’ADN de la cible suffit à l’organisme pour induire la dégradation du matériel génétique de la cible en question, en exploitant une enzyme qui découpe l’ADN. C’est donc bien un système de type CRISPR/Cas9 qui a été découvert chez les virus par cette équipe française, et baptisé MIMIVIRE. Il se pourrait que MIMIVIRE soit bientôt exploité, comme le CRISPR/Cas9, dans la modification de génomes, y compris le nôtre.

  • Ce que la science et la philosophie doivent aux chrétiens d’Orient du VIIIe siècle

Au détour de la lecture d’Une histoire de la biologie de Michel Morange, je note cette phrase dans le chapitre Le Moyen Âge et la science arabo-musulmane: « À cette phase sombre, il faut opposer une phase claire qui est l’extraordinaire échange culturel qui s’opère, d’abord du monde grec et latin au monde arabo-musumlan, souvent par l’intermédiaire des chrétiens (nestoriens) de Syrie dès le VIIIe siècle (…) » Sauver les chrétiens d’Orient, et en particulier de Syrie, aujourd’hui, c’est sauver ceux par qui nous avons découvert Socrate, Platon, Aristote, Pythagore, Thalès, et bien d’autres. Nous leur devons bien ça.

Carnet de balade

Une histoire de la biologie

71GnTbMaUQLC’est le dernier livre de Michel Morange, Une histoire de la biologie, qui m’incite à créer ce blog. C’est un vaste programme que cette fresque qui démarre avec la naissance de la biologie chez les grecs, et s’arrête à la porte des laboratoires du XXIe siècle. Le compte-rendu viendra plus tard, mais la qualité du travail est évidente. Chaque chapitre est divisé en un exposé des faits sur une période donnée, suivie d’une « mise en perspective » et surtout d’une partie « Et pour nous aujourd’hui » qui facilite grandement l’intégration des découvertes de chaque période dans le grand livre du vivant décrypté au fil des siècles.

On trouve ainsi une page consacrée à la question de la contribution du Moyen-Âge à la biologie ; si les découvertes et les grandes figures ont été peu nombreuses (ne ressortent qu’Albert le Grand et Frédéric II), l’auteur évoque la création des universités comme une contribution majeure, toujours vivante aujourd’hui. Le chapitre sur le XIXe siècle permet également de discuter la question de savoir si la découverte récente de l’épigénétique permet de réintroduire le transformisme lamarckiste et l’hérédité des caractères acquis.

D’autre part on ne saurait trop remercier l’auteur pour non pas  un, mais deux index, l’un pour les figures historiques et l’autre pour les thématiques ainsi qu’une très riche bibliographie. Ce qui est fréquent dans les livres anglo-saxons mais rare dans les ouvrages français.

Autre fait marquant, Michel Morange étant à la fois chercheur, historien et philosophe des sciences, il ne se restreint pas à la biologie et n’hésite pas à aborder des notions philosophiques. Le premier chapitre portant sur l’Antiquité, on y trouve notamment une discussion sur ce qu’il reste des quatre causes aristotéliciennes lorsqu’on les applique à la biologie moderne. Et je ne peux pas résister à citer cette pique glanée au vol dans le chapitre sur le XIXe siècle : « Les références récurrences de scientifiques à Leibniz ou Spinoza doivent être considérées avec beaucoup de prudence, vu leur ignorance de la philosophie ! » S’ensuit une courte discussion sur la question de savoir si les convictions de Pasteur ont pu influencer sa détermination à démontrer que la génération spontanée n’existait pas.

Pour finir, un survol de l’index révèle les auteurs les plus cités : Aristote, Claude Bernard, Buffon, Cuvier, Galien, Goethe, Haeckel, Lamarck, Mendel, Morgan, Pasteur ; mais il y en a plusieurs centaines. La lecture de ce livre devrait être obligatoire pour tous les étudiants en biologie !

Remarque : pour ceux qui souhaitent une histoire plus détaillée, vous pouvez lire l’Histoire du développement de la biologie de Hendrik C.D. de Wit, en trois volumes, publiée aux Presses Polytechniques et Universitaires Romandes en 1992.

À bientôt

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